home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00065 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  39 lines
  1. *********************************************
  2. * 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature *
  3. *********************************************
  4.  
  5. 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (EC 1.1.1.35) (HCDH) [1] is an enzyme involved
  6. in fatty acid metabolism,  it catalyzes the reduction  of 3-hydroxyacyl-CoA to
  7. 3-oxoacyl-CoA. Most eukaryotic cells have 2 fatty-acid beta-oxidation systems,
  8. one located in  mitochondria and  the  other in peroxisomes.   In  peroxisomes
  9. 3-hydroxyacyl-CoA  dehydrogenase  forms,  with  enoyl-CoA  hydratase (ECH) and
  10. 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase (ECI)  a  multifunctional  enzyme  where  the N-
  11. terminal domain bears the hydratase/isomerase  activities  and  the C-terminal
  12. domain the dehydrogenase activity. The mitochondrial enzyme is monofunctional.
  13.  
  14. In Escherichia coli (gene fadB) and Pseudomonas fragi (gene faoA) HCDH is part
  15. of a multifunctional enzyme which also contains an ECH/ECI domain as well as a
  16. 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase domain [2].
  17.  
  18. The eye lens protein lambda-crystallin [3],  which  is specific to lagomorphes
  19. (such as  rabbit), has been found to be structurally related to 3-hydroxyacyl-
  20. CoA dehydrogenase.
  21.  
  22. There are two major region of similarities in the sequences of proteins of the
  23. HCDH family, the  first one located in the N-terminal, corresponds to the NAD-
  24. binding site, the second one is located in the center of the sequence. We have
  25. chosen to derive a signature pattern from this central region.
  26.  
  27. -Consensus pattern: G-F-[LIVMF]-x-N-R-[LIVM]-x(2)-[AP]
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30. -Last update: December 1992 / Text revised.
  31.  
  32. [ 1] Birktoff J.J., Holden H.M., Hamlin R., Xuong N.H., Banaszak L.J.
  33.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:8262-8266(1987).
  34. [ 2] Nakahigashi K., Inokuchi H.
  35.      Nucleic Acids Res. 18:4937-4937(1990).
  36. [ 3] Mulders J.W.M., Hendriks W., Blankesteijn W.M., Bloemendal H.,
  37.      de Jong W.W.
  38.      J. Biol. Chem. 263:15462-15466(1988).
  39.